Чингиз Мустафаев родился 29 августа 1960 года в Астраханской области России в семье военного. Семья Чингиза переехала в Баку когда ему было 4 года. В 1983 году он окончил Азербайджанский медицинский университет и начал карьеру врача в отдаленном Дивичинском районе на севере Азербайджана. Однако будущая слава Чингиза никоим образом не была связана с его профессией. Чингиз, кому было суждено сыграть важную роль в истории современного Азербайджана, вскоре начал преследовать свою истинную страсть – журналистику.

Чингиз начал свою карьеру как любитель, снимая жестокий расстрел мирных жителей советскими войсками в Баку 20 января 1990 года. С началом боевых действий в Нагорном Карабахе, Чингиз полностью посвятил себя военной журналистике. Позже, в октябре 1991 года он был нанят Азербайджанским Телевидением как военный корреспондент. Харизматичный новичок за короткое время заслужил симпатию публики. Репортажи Чингиза Мустафаева были одними из самых достоверных источников информации для простых людей, желающих узнать что-нибудь о судьбе своих родственников в раздираемых войной районах Азербайджана. Вместе со своей небольшой командой, Чингиз выезжал в зону боевых действий и непосредственно предоставлял ценные репортажи о реальной ситуации на местах. Рискуя жизнью, он снимал даже во время интенсивного огня. Благодаря этим видео и фото материалам, мир узнал истинный характер конфликта и увидел жестокость армянских войск в отношении мирного населения. Чингиз помог преодолеть информационную блокаду и препятствовать потоку однобоких сообщений со стороны контролируемых армянами средств массовой информации. 

Возможно, самой выдающейся работой кратковременной карьеры Чингиза, как военного журналиста, был видеосюжет о зверствах в Ходжалы. Несмотря на сильный обстрел со стороны армян, Чингиз вместе с группой журналистов смог дважды добраться на вертолёте до места резни, чтобы снять на видеоплёнку последствия Ходжалинской трагедии. Ему удалось запечатлеть кадры, где на заснеженных полях Ходжалы всюду видны сотни беспорядочно разбросанных трупов людей. В видеорепортаже слышен всхлипывающий и эмоциональный голос Чингиза, комментирующего увиденные зверства во время съёмки.  Впоследствии он описал увиденную сцену следующим образом:

 «Среди убитых были десятки и десятки детей в возрасте от 2 до 15 лет, женщин и стариков. Большинство были убиты прямым выстрелом в голову. Положение тел указывало на то, что людей убивали хладнокровно и расчетливо; не было заметно признаков борьбы или попыток бегства. Некоторых людей отводили в сторону и убивали отдельно; многие семьи были расстреляны в полном составе. На некоторых телах было по несколько ран, но одна обязательно на голове. Это заставляет предположить, что раненых добивали. Было обнаружено несколько детских тел с отрезанными ушами, тело пожилой женщины со снятой с левой половины лица кожей. Мужчины были оскальпированы. С нескольких тел, вне всякого сомнения, было снято все ценное».

15 июня 1992 года во время ожесточённых боёв в селе Нахчыванлы Нагорного Карабаха Чингиз Мустафаев был смертельно ранен осколком мины при попытке снять наступление азербайджанской армии. Камера в этот момент продолжала снимать.

Указом Президента Азербайджана от 6 ноября 1992 года Чингизу Фуад оглы Мустафаеву посмертно присвоено звание Национального Героя Азербайджана. Его тело покоится на Аллее Шехидов в Баку.